Program dla Odry – 2006 został opracowany w roku 1999. Jest kompilacją projektu Programu Odra 2006 przygotowanego pod kierunkiem Janusza Zaleskiego i Jana Wintera, który uzyskał pełną aprobatę wszystkich nadodrzańskich samorządów wojewódzkich, także wielu gmin i powiatów oraz projektu resortowego MOŚZNiL pod nazwą Program dla Odry opracowanego pod kierunkiem Ryszarda Majewicza oraz Radosława Gawlika. Zredagowany ostatecznie Program dla Odry – 2006 zyskał poparcie Ministra OŚZNiL prof. Jana Szyszki oraz wysoką ocenę Komitetu Polityki Regionalnej i Zrównoważonego Rozwoju, a po przyjęciu go przez radę Ministrów uzyskał status dokumentu rządowego. W jego opracowaniu brali udział wybitni specjaliści wielu dziedzin nadając mu charakter zintegrowanego programu działań w dorzeczu, których priorytetem jest ochrona przeciwpowodziowa. Prace te mogły zostać doprowadzone do końca dzięki ogromnemu zaangażowaniu prof. dr hab. inż. Janusza Zaleskiego oraz dr hab. inż. Jana Wintera. Po przygotowaniu stosownej ustawy oraz przeprowadzeniu procesu legislacyjnego Sejm RP uchwalił 6 lipca 2001 roku ustawę o ustanowieniu programu wieloletniego „Programu dla Odry – 2006”. Pełnomocnikiem Rządu do jego realizacji jest Wojewoda Dolnośląski.